大豆腺苷酸激酶基因GmADK的克隆与表达分析
盖江涛, 赵团结, 李艳*, 盖钧镒*
南京农业大学大豆研究所 / 国家大豆改良中心 / 农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室 / 作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏南京210095
* 通讯作者(Corresponding authors): 李艳, E-mail:yanli1@njau.edu.cn; 盖钧镒, E-mail:sir@njau.edu.cn
摘要

腺苷酸激酶(adenylate kinase, ADK)催化ATP+AMP2ADP的可逆反应, 是维持细胞能量动态平衡的关键酶, 在植物中参与调节生长发育和逆境应答等过程。目前有关大豆ADK的研究还未见报道。本文通过RT-PCR方法, 从耐盐大豆品种南农1138-2的叶中克隆到一个腺苷酸激酶基因, 命名为GmADKGmADK的编码区序列(coding DNA sequence, CDS)长804 bp, 编码267个氨基酸。预测其蛋白结构含有典型的腺苷酸激酶功能域ATP-AMP(Ap5A)结合位点和AMP结合位点。蛋白序列比对和进化树分析表明, 大豆与菜豆(Phaseolus vulgaris)和蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)中的ADK序列相似性最高, 亲缘关系最近。组织表达显示GmADK基因的表达量在大豆叶和根中高于茎中。荧光定量PCR分析表明GmADK的表达受盐胁迫的调节, 且在耐盐(南农1138-2)和盐敏感(科丰1号)品种间存在差异。在叶和根中, 200 mmol L-1 NaCl处理6、12和24 h后,GmADK的表达量在盐敏感品种中比未处理对照有所降低, 但在耐盐品种中却比未处理对照升高, 因此推测GmADK可能参与大豆对盐胁迫的响应。

关键词: 大豆 (Glycine max [L.] Merr.); 腺苷酸激酶; 基因克隆; 盐胁迫
Cloning and Expression Analysis of an Adenylate Kinase GeneGmADK in Soybean
GAI Jiang-Tao, ZHAO Tuan-Jie, LI Yan*, GAI Jun-Yi*
Soybean Research Institute / National Center for Soybean Improvement / MOA Key Laboratory for Biology and Genetic Improvement of Soybean (General) / National Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Nanjing Agricultural University, Nanjing 210095, China
Abstract

Adenylate kinase (ADK) is an important enzyme in cellular energy homeostasis, which catalyzes the interconversion of adenine nucleotides, ATP+AMP2ADP, and is involved in many processes including plant growth, development and response to abiotic stresses. To date, there has no report on cloning and expression analysis of soybean ADK gene yet. In this study, a soybean ADK gene was cloned from the leaves of a salt tolerant cultivar NN1138-2 using RT-PCR, and was designated asGmADK. The coding sequence (CDS) of this cloned ADK gene is 804 bp in length, encoding a polypeptide of 267 amino acids. Its protein was predicted to be located in plastids, containing a typical ATP-AMP (Ap5A) binding site and an AMP binding site. Multiple sequence alignments and phytogenetic analysis of ADK proteins showed GmADK is most similar with ADK fromPhaseolus vulgarisandMedicago truncatula. Tissue expression pattern ofGmADKshowed its mRNA was more abundant in soybean roots and leaves than in stems. Quantitative RT-PCR showed a differential expression pattern ofGmADKin response to salt between salt tolerant (NN1138-2) and sensitive (Kefeng-1) soybean genotypes. Compared with untreated plants, the expression ofGmADKin both leaves and roots was repressed after 6, 12, and 24 hours of 200 mmol L-1 NaCl treatment in the salt sensitive cultivar, but induced in the salt tolerant cultivar, indicating thatGmADKmight be involved in soybean response to salt stress.

Keyword: Soybean (Glycine max [L.] Merr.); Adenylate kinase (ADK); Gene cloning; Salt stress
引言

腺苷酸激酶(adenylate kinase, ADK, EC.2.7.4.3)是一种磷酸转移酶, 广泛存在于真核与原核生物 中[1], 是细胞中一种重要的核苷酸激酶, 与其他的磷酸转移酶共同维持细胞中核苷酸的正常含量, 在能量代谢活动中起着十分重要的作用[2]。目前已知的ADK的生化功能主要是催化可逆反应ATP+AMP2ADP, 实现ATP、ADP以及AMP之间的转化, 从而调节细胞中能量的动态平衡[3]。这是活细胞的许多代谢过程中一个重要反应[4], ATP是生物能量代谢中通用的高能化合物, 为生命的生存和进化提供高效的细胞能量, 在生命过程中发挥着重要作用。因此, ADK被认为是一种能量代谢的关键酶[5]

腺苷酸代谢是初级代谢的重要组成部分, 腺苷酸类化合物的含量变化被认为是影响细胞代谢的主要因素之一[6], ADK作为平衡腺苷酸代谢库的关键酶, 其表达量直接影响腺苷酸在核酸代谢库和细胞能量代谢库中的分配[7]。已有证据表明, 腺苷酸水平及能荷与植物生长、发育有关[8]。在缺氧、能量不足等逆境条件下, 它们与细胞功能及代谢活性的调节关系密切[9]。目前在菠菜、小麦、大麦[10]、烟草[11]、玉米[12]、马铃薯[13]、豌豆[14]、水稻[15] 等很多植物中都发现了ADK, 它们存在于细胞液、线粒体、质体等不同细胞结构中。

越来越多的研究表明, 通过调节ADK在细胞中的表达量, 可以影响细胞的能量水平。将 ADK基因表达量控制在较低水平可以破坏腺苷酸代谢库平衡, 使腺苷酸代谢向ATP合成的方向进行。国内从20世纪70年代开始用酿酒酵母发酵生产ATP[16]。在植物中的研究表明, 降低ADK酶的活性有利于腺苷酸库容的增加和ATP的积累, 提供生命代谢过程所需的能量, 从而增加碳水化合物等物质的积累。Regierer等[13]将来源于马铃薯质体的 ADK基因(GenBank登录号为AF411937)构建反义表达载体, 利用农杆菌介导法转化马铃薯, 导致转基因马铃薯块茎中 ADK的活性降低, 腺苷酸含量增加, 与非转基因马铃薯对照相比, 块茎中淀粉含量增加60%, 块茎产量增加39%, 增产效果极其显著。将拟南芥质体中的 ADK基因缺失后, 植株表现出根系生长增强的特点[17]。Peterson等[18]用Ca2+/Na+的两种不同比率的盐溶液处理玉蜀黍的根与茎, 结果表明调节腺苷酸代谢的 ADK与植物的盐胁迫有重要但较复杂的关系。Gong等[19]研究发现在耐旱番茄中 ADK基因的表达受干旱胁迫的诱导, 推测番茄 ADK基因与抗干旱胁迫有关。

大豆是重要的油料作物和植物蛋白来源, 在我国具有悠久的栽培历史。目前我国面临对大豆需求的日益增加和全球气候变化而带来的干旱、盐碱地面积扩大等问题, 如何提高大豆的耐逆性(耐旱、耐盐等)对提高我国大豆单产具有重要意义。研究表明腺苷酸激酶ADK与作物的产量和耐逆性相关, 但目前在大豆中还未见有关 ADK基因的研究报道。本文通过RT-PCR法从耐盐大豆品种南农1138-2[20]中克隆大豆的腺苷酸激酶基因 GmADK, 并利用NaCl胁迫和qRT-PCR 研究 GmADK基因的表达, 为揭示大豆ADK的功能和利用耐盐候选基因进行大豆的分子育种提供基础。

1 材料与方法
1.1 试验材料

挑取饱满的大豆品种南农1138-2和科丰1号的种子, 接种于MS固体培养基中, 在温度和湿度分别为28℃和60%的人工气候箱中萌发, 当幼苗长出2片真叶后移入Hoagland营养液中。当幼苗长出第一片三出复叶时, 将幼苗移入含200 mmol L-1 NaCl的Hoagland营养液中, 处理0、6、12、24和36 h后, 分别取其根、茎、叶组织, 置液氮速冻后于-80℃保存, 备用。

1.2 cDNA第一链的合成

用TIANGEN TRIzol 试剂盒提取叶片的总RNA, 用TaKaRa生物公司的cDNA第一链合成试剂盒合成cDNA。

1.3 GmADK的克隆和半定量RT-PCR

在大豆数据库(http://phytozome.net/soybean)中下载腺苷酸激酶(ADK)基因的序列 (Glyma03 g33390.1), 用Primer Premier 5.0软件设计引物从南农1138-2的叶中扩增包含 GmADK基因的全长CDS序列。 GmADK上游引物为5-TTGTTGTGCTGTGC CTCTCC-3; 下游为5-TCAGATTCCAACACCTCA TG-3。以反转录合成的cDNA为模板进行PCR反应, 程序为: 95℃预变性5 min, 94℃变性30 s, 53.4℃复性50 s, 72℃延伸1 min, 共35个循环, 72℃保温5 min, 12℃恒温。反应结束后, PCR产物经1.0%琼脂糖凝胶电泳, 用凝胶成像系统(Bio-Rad)检测和记录结果。将PCR产物回收后与T-vector连接, 转化大肠杆菌感受态细胞, 筛选阳性克隆测序(Invitrogen)。

半定量RT-PCR以大豆β-actin作为内参基因, 其上游引物为5-GTTCTCTCCTTGTATGCAAGT G-3; 下游为5-CCAGACTCATCATATTCACCTTT AG-3。分别提取南农1138-2的根、茎、叶组织的RNA, 用RT-PCR分析 GmADK的组织表达情况, 从200 mmol L-1 NaCl处理0、6、12、24和36 h后的组织提取RNA进行盐胁迫处理下的半定量表达分析, PCR反应程序为: 95℃预变性5 min; 94℃变性50 s, 60℃退火50 s, 72℃延伸40 s, 30个循环; 72℃反应10 min, 12℃恒温。PCR产物经1.0%琼脂糖凝胶电泳, 用凝胶成像系统(Bio-Rad)检测和记录结果。

1.4 GmADK基因序列的分析

用ProtParam (http://web.expasy.org/protparam/)分析腺苷酸激酶基因 GmADK所编码氨基酸序列的物理性质; TMHMM (http://www.cbs.dtu.dk/services/ TMHMM-2.0/)预测蛋白质跨膜区结构; 应用SoftBerry的ProtComp 9.0进行亚细胞定位预测; BlastP (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)和Phytozome (http://www.phytozome.net/)进行蛋白序列比对; ClustalX 1.81和Genedoc作序列相似性比较; mega 5.1进行进化树分析。

1.5 GmADK基因在盐胁迫处理下的表达分析

分别以200 mmol L-1 NaCl溶液处理南农1138-2和科丰1号0、6、12、24和36 h后的样品提取RNA, 反转录成cDNA。以反转录的cDNA为模板, 以大豆18S rRNA为内参, 进行荧光定量PCR。 GmADK的上游引物为5-AAAGAGTCAGCCTGTGG-3; 下游引物为5-GCAGATTGCTTCTCCTCATAA-3。18S rRNA的上游引物为5-CGGCTACCACATCCAAG GAA-3; 下游引物为5-GCTGGAATTACCGCGG CT-3。PCR反应程序为: 95℃ 5 min; 95℃ 3 s, 60℃ 30 s, 72℃ 30 s, 40个循环。用2-ΔΔCT法得到 GmADK基因的相对表达量。通过SAS软件分析数据。

2 结果与分析
2.1 GmADK基因全长CDS序列的克隆和分析

2.1.1 GmADK基因全长CDS的克隆 将RT-PCR扩增的 GmADK基因产物用1%琼脂糖凝胶电泳, 检测含 GmADK的条带(图1)。将PCR产物回收后与T-vector连接, 转化大肠杆菌感受态细胞, 筛选阳性克隆进行测序。序列分析结果表明, 克隆得到含804 bp的 GmADK基因全长CDS, 其核苷酸序列与大豆数据库(http://phytozome.net/soybean)公布的大豆品种Williams 82中3号染色体上的腺苷酸激酶等位基因(Glyma03g33390.1)的序列一致。

图1 大豆 GmADK基因扩增产物Fig. 1 RT-PCR products of GmADK

2.1.2 GmADK编码的蛋白特性预测 GmADK基因的全长CDS编码267个氨基酸(图2-A), 其蛋白分子量为29.01 kD, 理论等电点p I为7.8。该基因产物在细胞中的高尔基体、线粒体、叶绿体、细胞核、细胞质、质膜中均有分布, 其中在叶绿体上的分布最多。TMHMM预测发现1个跨膜区的存在, 推测 GmADK编码的蛋白为跨膜类蛋白。结构预测分析发现其属于磷-环核苷酸酶超家族(图2-B), 包含1个ATP-AMP(Ap5A)结合位点和1个AMP结合位点, 具有典型的ADK蛋白分子特征[21]

2.1.3 不同物种的ADK蛋白序列比较与进化分析

在NCBI和Phytozome中对 GmADK编码的蛋白全序列进行Blastp分析, 发现除了来自大豆的4条序列外, 还有多个物种的ADK蛋白序列与 GmADK基因编码的蛋白序列具有较高的相似性, 应用生物信息学软件ClustalX 1.81对与GmADK蛋白全序列相似性高的序列进行多重序列比对(图3), 发现GmADK与豆科植物菜豆( Phaseolus vulgaris)和蒺藜苜蓿( Medicago truncatula)中的ADK序列相似性最高,分别为84%和85%, 与黄瓜( Cucumis sativus)、苹果(Malus domestica)蓖麻( Ricinus communis)、木薯( Manihot esculenta)、杨树( Populus trichocarpa)、亚麻( Linum usitatissimum)、葡萄( Vitis vinifera)的相似性均在80%或以上, 说明 ADK基因在进化中具有一定保守性。为进一步研究腺苷酸激酶ADK在不同物种中的进化关系, 用MEGA 5.1对与GmADK蛋白全序列相似性高的序列绘制了系统进化树(图4), 运用最大简约法, 采用Bootstrap法产生随机种子自检验1000次以验证进化树的可靠性。结果表明GmADK与豆科植物菜豆( P. vulgaris)和蒺藜苜蓿( M. truncatula)中的ADK蛋白亲缘关系最近。

图2 GmADK的氨基酸序列(A)及其蛋白功能域预测(B, 引自NCBI)Fig. 2 Amino acid sequence of GmADK (A) and its predicted functional domains (B, from NCBI)

2.2 GmADK基因表达的半定量分析

分别以南农1138-2的根、茎、叶RNA反转录的cDNA为模板, 以 β-actin为内参基因, 通过半定量RT-PCR进行 GmADK的组织表达分析。电泳结果表明, GmADK在根与叶中均有较明亮的扩增条带, 而在茎中的表达量较弱(图5-A)。用200 mmol L-1的NaCl溶液处理大豆幼苗6、12和24 h后, 南农1138-2根中 GmADK的表达量有所增加(图5-B), 其中12 h达到最大, 盐处理36 h后 GmADK的表达量又减弱。

2.3 GmADK基因在盐胁迫下的实时荧光定量 分析

以大豆基因18S rRNA作为内参, 以未处理叶中 GmADK基因的表达量作为对照, 进行荧光定量PCR, 得到 GmADK基因在盐胁迫下南农1138-2和科丰1号叶中的相对表达量(图6-A)。结果表明, 200 mmol L-1的NaCl溶液胁迫处理下, GmADK基因在盐敏感品种(科丰1号)的叶中的表达量在处理的6、12、24和36 h都显著下降(LSD, P< 0.05)。但耐盐品种(南农1138-2)的叶中 GmADK基因的表达量在处理的6、12和24 h有所增加, 36 h后又降低, 其中盐胁迫12 h后 GmADK的相对表达量最高(LSD, P< 0.05)。

同样对 GmADK基因在2个品种根中的相对表达量进行了分析(图6-B)。200 mmol L-1的NaCl溶液胁迫处理下, GmADK基因在盐敏感品种(科丰1号)根中的表达量在处理的6、12、24和36 h都有所下降, 其中6 h和36 h呈显著性下降(LSD, P< 0.05)。但耐盐品种(南农1138-2)根中 GmADK基因的表达量在6、12和24 h都比对照增加, 其中12 h GmADK的相对表达量最高(LSD, P< 0.05)。

3 讨论

ADK作为平衡腺苷酸代谢库的关键酶, 其表达量直接影响腺苷酸在核酸代谢库和细胞能量代谢库中的分配, 从而影响植物的生长发育及耐逆性。虽然在多种植物中发现了ADK[10,11,12,13,14,15], 但对腺苷酸激酶在植物中的功能研究却很少, 目前大豆中腺苷酸激酶的功能研究尚为空白。

图3 不同物种ADK蛋白的多重序列比对(ClustalX 1.81)Fig. 3 Amino acid sequence alignments of the ADK proteins from different species (ClustalX 1.81)

Glyma: 大豆; Mtr: (XP_003625563.1)蒺藜苜蓿; Pvu: (Phvul.001G173800.1)菜豆; Csa: (Cucsa.065700.1)黄瓜; Mdo: (MDP0000918737)苹果; Rco: (XP_002525046.1)蓖麻; Mes: (cassava 4.1_013232m)木薯; Ptr: (XP_002316334.1)杨树; Lus: (Lus10040358)亚麻; Vvi: (CBI25330.3)葡萄。

Glyma: Glycine max; Mtr: Medicago truncatula (XP_003625563.1); Pvu: Phaseolus vulgaris (Phvul.001G173800.1); Csa: Cucumis sativus(Cucsa.065700.1); Mdo: Malus domestica (MDP0000918737); Rco: Ricinus communis(XP_002525046.1); Mes: Manihot esculenta (cassava4.1_013232m); Ptr: Populus trichocarpa(XP_002316334.1); Lus: Linum usitatissimum(Lus10040358); Vvi: Vitis vinifera(CBI25330.3).

图4 GmADK与植物中其他ADK氨基酸序列的进化树分析(MEGA 5.1)Fig. 4 Phylogenetic analysis of GmADK and other plant ADK amino acid sequences (MEGA 5.1)

Ricinus communis(XP_002525046.1): 蓖麻; Manihot esculenta (cassava 4.1_013232m): 木薯; Populus trichocarpa(XP_002316334.1): 杨树; Linum usitatissimum (Lus10040358): 亚麻; Vitis vinifera (CBI25330.3): 葡萄; Eucalyptus grandis(Eucgr.G02788.1): 巨桉; Malus domestica (MDP0000918737): 苹果; Cucumis sativus(Cucsa.065700.1): 黄瓜; Medicago truncatula (XP_003625563.1): 蒺藜苜蓿; Phaseolus vulgaris (Phvul.001G173800.1): 菜豆; Glyma: Glycine max: 大豆。

图5 GmADK在南农1138-2根、茎、叶中的表达(A)及盐胁迫下南农1138-2根中的表达(B)Fig. 5 Expression of GmADK in roots, stems and leaves of Nannong 1138-2 (A) and in its roots under salt stress (B)

本研究克隆的 GmADK核苷酸序列与公布的大豆品种Williams 82中第3染色体上的腺苷酸激酶等位基因(Glyma03g33390.1)的序列一致。通过大豆数据库(http://phytozome.net/soybean)同源序列查找, 发现在大豆基因组上有4条序列与GmADK的相似性大于80% (全蛋白序列比对), 包括1条GmADK的可变剪接序列(Glyma03g33390.2)和3条分别位于第19、第13和第10染色体的序列(Glyma19g36120.1、Glyma13g19880.1和Glyma10g05530.1), 其中Glyma19g36120.1与GmADK的相似性最高(93.3%), 这3条位于大豆不同染色体的GmADK同源序列可 能来自大豆基因组重复事件。此外, GmADK蛋白与其他物种的ADK具有较高的相似性, 蛋白序列比对和进化树分析表明, 大豆与豆科植物菜豆( Phaseolus vulgaris)和蒺藜苜蓿( Medicago truncatula)中的ADK序列相似性最高, 分别为84%和85%, 相似性高于大豆中的2条同源序列Glyma13g19880.1和Glyma10g05530.1, 推测大豆中的GmADK在进化中可能来源于不同祖先。

GmADK编码的蛋白进行结构预测发现GmADK包含1个ATP-AMP(Ap5A)结合位点和1个AMP结合位点, 具有典型的ADK蛋白分子特征, 并具有典型的ADK活性位点, 因此属于腺苷酸激酶家族成员。预测还显示GmADK具有1个跨膜结构区域, 因此推测该蛋白可能参与细胞膜内外信号传递等过程。亚细胞定位预测表明GmADK在细胞中的线粒体、叶绿体等质体中均有分布, 其中在叶绿体上的分布最多。这与前期报道的植物中的ADK活 性主要分布于叶绿体基质和线粒体膜间隙中相一 致[22,23,24]

迄今关于腺苷酸激酶在植物中的功能报道很 少, 只有3篇文章研究了ADK在植物生长发育中的功能[13,17,25], 另外3个研究[18,19,26]发现 ADK基因的表达水平受干旱和盐胁迫的调节, 推测 ADK基因与植物抗逆境胁迫相关。本研究的荧光定量分析表明 GmADK的相对表达量受盐胁迫的调节, 并在耐盐和盐敏感品种间存在差异, 初步推测 GmADK可能通过调节细胞中的ATP等能量代谢平衡来参与大豆的耐盐过程。因此, GmADK可作为一个耐盐的候选基因进一步验证其功能。 GmADK基因内部和附近分子标记(如SNP/InDel)的多态性与耐盐性的关联程度, 以及 GmADK的表达量是否直接影响大豆的耐盐性有待进一步研究。 GmADK的克隆和表达分析,不仅丰富了腺苷酸激酶家族的基因信息, 同时为进一步研究大豆腺苷酸激酶的功能与耐逆境胁迫之间的关系奠定了基础。

图6 盐胁迫下南农1138-2、科丰1号幼苗叶片(A)和根(B)中 GmADK基因的相对表达量误差线表示3次重复的标准误。分别对2个品种(南农1138-2、科丰1号)作LSD多重比较分析, 根据α=0.05对每个品种在盐胁迫不同时间后的相对表达量分等级, 南农1138-2的等级用大写字母表示, 科丰1号的等级用小写字母表示。Fig. 6 Relative expression of GmADK in leaves (A) and roots (B) of Nannong 1138-2 and Kefeng-1 under salt stressError bars represent the standard error of three replicates. Least Significant Difference (LSD) tests were performed for each cultivar (α=0.05), the groups were labeled using letters in capital case for Nannong 1138-2 and lower case for Kefeng-1.

4 结论

克隆了大豆腺苷酸激酶基因 GmADK。该基因具有腺苷酸激酶共有的一些特征, 含有典型的腺苷酸激酶蛋白功能域ATP-AMP(Ap5A)结合位点和AMP结合位点; 大豆根和叶中 GmADK基因的表达受盐胁迫的调节, 且在耐盐和盐敏感品种间存在差异, 推测 GmADK基因参与大豆盐胁迫应答过程。

The authors have declared that no competing interests exist.

作者已声明无竞争性利益关系。

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